Significations et usages de PubChem

PubChem es una base de datos de moléculas. Es un sistema operado y mantenido por el National Center for Biotechnology Information (NCBI), parte de la National Library of Medicine, parte a su vez de los National Institutes of Health estadounidenses. Se puede consultar gratuitamente a través de internet, además de poder descargar los datos de millones de estructuras vía FTP. La mayoría de moléculas listadas en PubChem tienen un peso molecular inferior a 2000 uma. La American Chemical Society intentó restringir sus actividades, alegando que competían con su Chemical Abstracts Service. Más de 50 proveedores de bases de datos contribuyen al crecimiento de PubChem.

  Bases de datos

PubChem contiene tres bases de datos primarias, en continuo crecimiento:

• Compuestos: 10,2 M entradas, compuestos puros y mezclas. (Más información en [1])
• Sustancias, 15,5 M entradas, contiene mezclas, extractos, complejos y sustancias no caracterizadas. (Más información en [2])
• BioAssay, resultados de bioactividad de 337 ensayos high throughput screening, con varios millones de entradas. (Más información en [3])

  Búsquedas

Se puede buscar en la base de datos mediante numerosos parámetros, incluyendo la estructura química, nombre de los fragmentos, fórmula química, peso molecular, XLogP y el número de enlaces de hidrógeno dadores y aceptores.

Tiene un sistema propio de edición de moléculas basado en SMILES/SMARTS y soporte de InChI que permite la importación y exportación de los formatos químicos más comunes para buscar estructuras y fragmentos.

Cada resultado contiene información sobre sinónimos, propiedades químicas (incluyendo las cadenas SMILES e InChI), bioactividad y enlaces a compuestos relacionados estructuralmente, además de enlaces a otras bases de datos del NCBI, como PubMed.

Se puede buscar a partir de diferentes parámetros incluyéndolos dentro de corchetes. Se representa un rango numérico a partir de dos números separados con dos puntos (:). Los términos de búsqueda no distinguen mayúsculas de minúsculas. Se admiten paréntesis y operadores lógicos, como AND, OR y NOT. Si no se especifica ninguno se asume AND.

Ejemplo:

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

  Campos de la base de datos

  Enlaces externos

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• Página de búsqueda
• FAQ
• Ayuda